Classée ville d'Art et d'Histoire, la ville de Besançon possède un riche passé historique dont son patrimoine architectural est un témoin fort. Depuis la fondation d'un oppidum gaulois, la cité n'a cessé de se développer et de s'agrandir avant de devenir un centre culturel, militaire et économique de premier ordre. Tantôt germanique tantôt française, la capitale comtoise a gardé de nombreuses traces des différentes périodes de son histoire de l'Antiquité au XIXe siècle.


Aux origines, un site idéal de peuplement

Le passage de chasseurs-cueilleurs remontant à 50 000 ans, durant la période du paléolithique moyen, a été attesté.

Les fouilles menées au cours des derniers siècles ont permis de révéler des traces d'occupation du site dès le néolithique le long du Doubs, notamment au pied des collines de la Roche d'Or et de Rosemont, ces traces d'habitat étant datées de 4 000 ans avant J.-C. environ.

Au IIe siècle av. J.-C., l'oppidum est la possession des Séquanes, peuple gaulois (voir Celtes) qui contrôle un vaste territoire s'étendant entre le Rhône, la Saône, le Jura et les Vosges. La présence d'aménagements publics à cette époque est attestée par des campagnes de fouilles ; les plus anciens ont été découverts lors des fouilles préventives réalisées sur le site des remparts dérasés en 2001. La ville était ceinturée par un mur de berge (murus gallicus) dont des vestiges ont été mis au jour sur ce même site. À l'extérieur se trouvait un quartier d'artisans.

L'oppidum, du nom de Vesontio (en latin), était alors le centre économique de la Séquanie et c'est à ce titre qu'il est convoité par les Germains. Il est occupé en -59 ou peut être même quelques années auparavant par Arioviste et ses Suèves, puis par les Éduens avant que Jules César n'en fasse à son tour la conquête en -58.

Jules César, impressionné par ce site stratégique qu'il décrit dans ses Commentaires sur la Guerre des Gaules, décide de confirmer son rôle de capitale de la tribu gauloise des Séquanes (Civitas Maxima Sequanorum) de citadelle militaire et de carrefour d'échanges de la Gaule romaine. La ville connaît alors un âge d'or, elle devient l'une des plus grandes villes de la Gaule belgique, puis de la province de Germanie supérieure.

En 68, elle est le théâtre de la bataille de Vesontio opposant Lucius Verginius Rufus, fidèle de l'empereur Néron, à Gaius Julius Vindex, un rebelle qui est vaincu et finit par se suicider. Les Romains agrandissent la cité et l'embellissent en y construisant de nombreux édifices de part et d'autre du cardo (actuelle Grande Rue) et même sur la rive droite du Doubs où ils élèvent un amphithéâtre (arènes de Besançon) pouvant accueillir jusqu’à 20 000 spectateurs. Le sous-sol de la ville regorge de témoins de cette époque, on dénombre en effet non moins de 200 points de découverte dans La Boucle et les quartiers situés aux abords immédiats.

Parmi les vestiges les plus importants, on peut citer la porte Noire érigée sous Marc-Aurèle vers 175. Durant son règne, la cité est marquée par des troubles entre 172 et 175. Les autres vestiges importants sont les colonnades du Square Castan, les conduites de l'aqueduc romain qui alimentait Vesontio en eau, les restes de l'amphithéâtre, les domus du Palais de Justice et domus du collège Lumière où a été retrouvée entre autres une mosaïque romaine dite « de la Méduse » exposée au musée des beaux-arts et d'archéologie de Besançon. Sous la Tétrarchie, la cité devient la capitale de la Provincia Maxima Sequanorum. En 360, l'empereur Julien, de passage à Vesontio, décrit une « bourgade ramassée sur elle-même », une cité sur le déclin qui n'est guère plus qu'un village.

À la suite de la mort de Charles le Téméraire, la ville de Besançon était soutenue par le roi Louis XI. En février puis mars 1481, non seulement il confirma les privilèges de la ville mais aussi ordonna la translation de l'université de Dole à Besançon, en mars. En effet, c'était principalement grâce à Charles de Neufchâtel, archevêque de Besançon ainsi que conseiller de Louis XI.

À l'époque de la Renaissance, la Franche-Comté appartient de nouveau à l'Empire germanique. L'empereur Charles Quint fortifie considérablement Besançon qui devient un des boucliers de son Empire. Un Comtois, Nicolas Perrenot de Granvelle, devient chancelier de l'Empire en 1519 puis garde des Sceaux en 1532. Toute la région bénéficie des faveurs de Charles Quint et Besançon devient la cinquième ville impériale et s'embellit de monuments, en particulier le palais Granvelle et l'hôtel de ville dont la façade est ornée d'une statue de Charles Quint. La ville compte alors de 8 000 à 9 000 habitants en 1518, population qui serait passée entre 11 000 et 12 000 habitants en 1608. L'économie de la ville est profondément rurale, notamment par la présence des vignerons à Battant qui représentaient la moitié voire les trois quarts de la population et faisaient donc de la viticulture l'activité principale de la ville.

Au sortir de la guerre, la ville comme tout le pays, fait face à une croissance rapide. L'essor démographique est particulièrement vif, la ville doublant sa population en à peine plus de 20 ans (de 63 508 habitants en 1946 à 113 220 habitants en 1968), et particulièrement entre 1954 et 1962 où sa progression de 38,5 % n'est dépassée seulement que par les villes de Grenoble et de Caen. Les voies de communication n'accompagnent que difficilement cette évolution, l'électrification de la ligne ferroviaire vers Paris n'intervenant qu'en 1970, la mise à grand gabarit du canal n'étant envisagée qu'à partir de 1975 tandis que l'autoroute ne parvient à Besançon en 1978. Quant à la possibilité de développer un aéroport à La Vèze, l'idée est bien vite enterrée.

L'industrie horlogère reste dominante mais est en recul, passant de 50 % des emplois industriels en 1954 à 35 % en 1962 et cédant le pas progressivement face à d'autres secteurs en plein essor tels que le textile, le bâtiment ou l'industrie alimentaire. En 1962, trois entreprises dépassent les 1 000 employés : les firmes horlogères Lip et Kelton-Timex, et l'usine textile de la RhodiacétaB 28. Cela n'empêche pas Besançon de confirmer son statut de capitale de l'horlogerie française grâce notamment à ses fonctions administratives (sièges sociaux) et scientifiques (enseignement et recherche). Le textile et la confection connaissent par ailleurs un dynamisme certain, la Rhodia employant jusqu'à 3 300 employés en 1966 et l'entreprise familiale Weil atteint 1 500 emplois en 1965, devenant ainsi la première entreprise française de confection masculine.

Face à cette croissance exponentielle, la municipalité décide de répondre notamment à la crise du logement en débutant en 1952 la construction des cités de Montrapon et de Palente-Orchamps et en 1960 celle des trois immeubles appelés les 408 (en référence au nombre de logements) par les Bisontins qui accueillent une population majoritairement ouvrière. La réalisation de ces équipements est assez anarchique et un plan de modernisation et d'équipement est élaboré entre 1961 et 1963 prévoyant la création de la Z. U. P. de Planoise, des zones industrielles de Palente et de Trépillot, et du campus de la Bouloie. On prévoit également la réalisation de trois boulevards permettant de fluidifier la circulation.

La ville devient capitale régionale grâce à la création des circonscriptions d'action régionale par un décret du 2 juin 1960.